Also kein Programm zeigt dir die realen Werte, die das GPS beim Einsatz zeigt. Es werden immer nur Interpolaionen zwischen den Trackpoints angenommen. Die Regeln dafür bestimmt der Programmierer.
Pack mal deine GPS-Datei in andere Progs, da wirst du das feststellen. Kitetrax kommt schon ganz gut ran.
Bei den Zeiten kommt's drauf an, was das GPS liefert. Wahrscheinlich liefern die auch alle unterschiedliche Zeiten, der eine UTC, UTC+1, UTC+1 und Sommerzeit. Das kann man natürlich nicht filtern.
In der Trackaufzeichnung steht wahrscheinlich eine andere Zeit. Exportier mal nach GPX und guck mit nen
Editor mal rein.